Zgodba v igri se odvija okrog dveh osrednjih likov,oba sta Japonska študenta, prvi je Takuto, drugi pa Shiki.Takuto je bil v svoji mladosti navdušen Digimon fan, od takrat pa se je bolj posvetil odraslemu življenju in skrbi za prihodnost. Skupaj s Shikijem se znajdeta v Digimon svetu, kjer srečata svoje Digimon partnerje, Agumona, Gabumona, Biyomona in Palmona. 

Digimon World: Next Order je igra igranja vlog v odprtem svetu. Igralec raziskuje odprt svet, hkrati pa sočasno lahko razvija dva Digimona hkrati.